东北农业大学图书馆始建于1948年学校创立之初，前身为东北农学院图书馆。1953年学校迁址王兆屯后将图书馆设在主楼内，面积3500m2，馆藏书刊50万册。1986年，图书馆随学校迁至现址长江路600号（原木材街59号）。1987年独立馆舍建成使用，建筑面积约7000平方米，馆藏书刊65万册，外文期刊945种。1994年学校与黑龙江省农业管理干部学院合并后，正式更名为东北农业大学图书馆。
自建校至今，图书馆与学校风雨兼程、休戚与共。伴随着学校的发展壮大，图书馆已经成长为文献载体多样化、特色馆藏数字化、信息传播网络化、文献检索便利化的文献信息中心和文化教育交流中心。
现有图书馆建筑面积2.487万平方米，建筑风格朴实厚重，装饰典雅，内部结构宽敞、通透。主要阅览室设有分体式空调，会议厅、学术报告厅、多功能厅、自习室、研修间、面试间、美育空间等配套设施齐全，一楼中央南部为档案库房，保管条件天然良好。现设有阅览和学习座位3000余席。此外，还在绿色食品研究院、工程学院、艺术学院、马克思主义学院、水利与土木工程学院均设有学科分馆，面向全校师生开放。
经过多年建设，图书馆已建成覆盖学校农、工、理、经、管、法等各学科的综合性文献资源保障体系。现有各类文献资源近450余万册。其中印刷版文献195万余册，电子图书168万余册、电子期刊87万余册。珍藏文渊阁版《四库全书》及《续修四库全书》各一套。现有中外文数据库24个，包括ScienceDirect、CNKI等全文数据库，SCI、SSCI等引文索引数据库。
图书馆现已实现图书采访、编目、流通管理、信息开发、数据统计、公共查询、参考咨询等业务的现代网络管理。图书借阅室全部实行开架管理，拥有RFID自助借还系统、校园自习座位管理系统、智能存包柜系统、自助文印系统等各种智能化系统，丰富了学校智慧校园建设。
图书馆现设文献资源建设中心、读者服务中心、教研支持中心、文化建设推广中心、技术服务中心、综合档案中心、办公室等7个部门，全馆员工51人。
面向未来，图书馆坚持以“读者第一”为服务宗旨，“藏以致用”为办馆理念，力求达到“及时、精准、个性化”的服务目标，围绕学校世界一流学科和高水平大学建设目标任务，全面服务教学科研、人才培养、学科建设、文化传承和国际交流等中心工作，努力把图书馆建设成为国内同类高校一流的数智化的文献信息资源中心、自主学习中心、研究发展中心、知识管理中心、文化传承与交流中心和协同创新中心。